Salinas de Añana y sus alrededores se ubican sobre un fenómeno geológico denominado diapiro, que hace surgir del interior de la tierra la sal de un antiguo mar desaparecido hace millones de años.
La halita o sal gema (NaCl) es disuelta por el agua dulce en el interior del diapiro y aflora como salmuera a través de los manantiales. Esto genera un hábitat de gran biodiversidad con depósitos con importante información paleoambiental y paleoclimática, así como una biodiversidad típica de los humedales asociados a ambientes salinos.
En el Valle Salado conviven una flora halófila específica y perfectamente delimitable con especies de fauna singulares como la Arthemia Parthenogenetica. Esta riqueza le ha permitido ingresar en la Lista de Humedales Ramsar de relevancia internacional.
La rica geodiversidad, con afloramiento de materiales interiores de la Era Mesozoica (Triásico) gracias a los empujes orogénicos, ha determinado un paisaje único.
En el caso de Salinas de Añana los asomos ofíticos y las calizas jurásicas determinan que el paisaje esté formado por un sinfín de cerros y vallonadas, dibujando un mosaico de relieves excepcional.