Pendant la période le Trias, période qui a commencé il y a environ 251 millions d'années et s'est terminée il y a environ 200 millions d'années à une époque où tous les continents étaient unis formant le un seul continent appelé Pangea, Salinas de Añana a été submergée sous un grand océan. L'évaporation de ses eaux a provoqué le dépôt de grandes couches d'évaporites dans son fond qui, au fil du temps, ont été recouvertes par d'autres strates.
L'existence du sel à Añana s'explique par le phénomène géologique appelé diapir. En général, il consiste en la remontée en surface terrestre de matériaux plus anciens en raison de sa plus faible densité, de la même manière qu'une bulle d'air immergée dans un liquide a un mouvement ascendant.
Ce processus particulier a débuté il y a 220 millions d'années, lorsque les roches évaporites du faciès triasique du Keuper, situées à environ 5 kilomètres de profondeur ont commencé à remonter à la surface, traînant avec elles les matériaux qui caractérisent le paysage salin: Carnioles, Ophites, calcaires. loams, argiles, etc. Ce processus est toujours actif.
L'eau de pluie qui tombe sur le diapir passe d'abord par les couches supérieures de la roche et ensuite par les couches de sel, refaisant surface sous forme de sources ou des remontées d’eau hyper salines. Les sources d'Añana fournissent un débit moyen d'environ 2 litres par seconde, avec une concentration de sel d'environ 240 grammes par litre.
Le système hydrologique lié au diapir est complété par le lac Arreo, dont les eaux, en raison de leur emplacement dans un bassin fermé s'évaporent, et elles sont également salines. Le lac comme les dépôts de sel contiennent tous deux des gisements comportant des informations paléo environnementales et paléo climatiques importantes, ainsi qu'une biodiversité typique des milieux salins. Pour cette raison et dans le but de les préserver, ces deux espaces ont été inclus dans la Liste des Zones Humides de RAMSAR d'importance internationale.