En el año 1114 se inició en Añana un complejo proceso cuya principal consecuencia fue el abandono de la red de aldeas independientes creada entre los siglos VIII y X, y la compactación del poblamiento en único núcleo que, con el tiempo, terminó denominándose Salinas de Añana.

El Valle Salado de Añana que, tras un largo periodo en el que formó parte de sucesivos condados y alfoces, como el de la Fortaleza de Termino (Santa Gadea del Cid), vio como a principios del siglo XII, los reyes consiguieron imponer su poder.

La solución adoptada tanto por Alfonso I de Aragón, quien concedió el fuero de población en torno a 1114, como por Alfonso VII de Castilla, que lo confirmó en 1140, fue eludir el enfrentamiento directo con las principales instituciones monásticas instaladas en Salinas. La táctica seguida consistió en respetar la jurisdicción de los individuos que estaban bajo la autoridad de los centros religiosos con mayor poder -San Salvador de Oña, Santo Domingo de Silos y San Millán de la Cogolla- e intentar atraer al resto de la habitantes (tanto de las aldeas de Añana como de su entorno) concediendo privilegios a todos aquellos que “voluntariamente” decidieran poblar el espacio elegido por el rey para construir la primera villa real del País Vasco.

Tras esta concesión, la gran mayoría de los vecinos de las seis aldeas abandonaron sus casas para ir a habitar el lugar elegido por el rey para crear la villa amurallada de Salinas de Añana, creándose órganos de gobierno únicos, tanto a nivel municipal como en las salinas, para controlar el Valle Salado. De este modo nació la Comunidad de Caballeros Herederos de las Reales Salinas de Añana, cuya dirección estaba en manos de dos individuos que eran elegidos periódicamente: uno de ellos protegía los intereses de los propietarios del sector religioso y el otro del laico.

La estrategia política tuvo al parecer sus frutos, viéndose intensificada en gran medida tanto la actividad productora como la mercantil. No obstante, su progresión se vio afectada periódicamente, pues dependía en gran medida de la firmeza del poder del monarca que se sentara en el trono. En caso de debilidad de mando, la aristocracia aprovechaba la coyuntura para imponer su voluntad, incluso de modo violento, con el fin de acaparar la máxima rentabilidad económica.

Un ejemplo claro de la debilidad real que afectó directamente a Salinas de Añana en determinadas épocas fue la pérdida de su calidad de realengo en 1308, como cuando pasó a formar parte del dominio del señorío del monasterio de las Huelgas de Burgos. La situación volvió a cambiar con Enrique II, que concedió de forma definitiva el Señorío de Salinas de Añana al linaje de los Sarmiento, intitulados a partir de entonces Condes de Salinas.

La villa, al igual que el resto del territorio, sufrió en gran medida la conflictividad señorial reinante en la zona durante la Baja Edad Media. En la documentación conservada de este período se puede apreciar claramente sus indicios ya desde el siglo XIII, siendo estos conflictos los que impulsaron al concejo de Salinas de Añana a formar parte de la Hermandad de Castilla constituida en 1295, a pertenecer después a la Hermandad General de todos los reinos formada en 1315 y, finalmente, a incorporarse en 1460 a la Hermandad de Álava.

En cuanto a la actividad mercantil se refiere, es de destacar el conflicto continuo entre las distintas salinas castellanas por el control de las áreas exclusivas de venta. En esta lucha de intereses, la salina de Añana se vio favorecida en numerosas ocasiones, como así lo demuestran los privilegios otorgados por Alfonso X en Las Partidas o por Sancho IV en las Cortes de Burgos de 1315, donde se proporcionó a Añana el monopolio de la venta de sal en el territorio actual del País Vasco y en buena parte de Castilla la Vieja.